Le CORPEN est un lieu de concertation entre tous les acteurs concernés par la pollution des eaux par les nitrates, les phosphates et les produits phytosanitaires provenant des activités agricoles.

Sa composition est fixée par décision ministérielle. On y retrouve des représentants de la profession agricole, des instituts techniques, des établissements de recherche, des industriels (dont l'UNIFA), des ministères concernés, des agences de l'eau, des associations de protection de l'environnement, des élus, des distributeurs d'eau et les consommateurs.

Des groupes de travail thématiques, réunissant des experts de tous les organismes
concernés par le sujet traité font la synthèse des connaissances scientifiques et techniques disponibles.

Les résultats sont examinés par un bureau permanent qui réalise des documents
techniques et méthodologiques, outils destinés aux agriculteurs et à leurs conseillers, aux formateurs, aux élus et à l'administration, dont la finalité est d'amener les agriculteurs à adopter des pratiques permettant de préserver la qualité de l'eau.