L'apport des éléments nutritifs majeurs et secondaires ne permet pas de s'affranchir d'un phénomène naturel : l'acidification des sols.

Ce phénomène, dont la nature chimique est comparable à un équilibre fragile entre des acides et des bases, est commun à tous les sols cultivés des pays tempérés.

Du fait d'une roche mère acide en sous-sol, certains sols sont naturellement acides, mais d'autres le deviennent :

sous l'action du climat, des micro-organismes du sol et de la mise en culture, il y a production d'acides dont l'accumulation nuit au bon développement des cultures. D'un point de vue analytique, la mesure de ce phénomène est donnée par le pH des sols. A la neutralité chimique (pH 7), tout se passe à peu près bien dans les sols agricoles. L'acidification naturelle conduit à abaisser le pH des sols, qui peut descendre à moins de 5.

Les amendements minéraux basiques permettent de lutter contre l'acidification des sols.